学科始于五十年代末，1981年分为病理学和病理生理学两个三级学科，病理学科1991年被校级重点学科和一类课程，1996年被确定为校级重点实验室，2001年被评为山东省教学改革试点课程，2006年被评为省级精品课程。病理生理学科2000年被确定为校级重点学科，2003年被确定为校级重点实验室。病理学与病理生理学学科2006年12月被评为山东省”十一五”重点学科，2011年被评为山东省”十二五”强化重点学科。现有教学科研人员30人，其中特聘教授2人，学科教授6人，副教授10人，讲师 7人，助教5人，博士学位6人，硕士学位16人。1人享受国务院政府特殊津贴，多人分别被评为济宁市有突出贡献的中青年专家、山东省学术骨干学科带头人培养对象、山东省优秀青年知识分子、济宁市科技拔尖人才和新长征突击手、校级专业技术拔尖人才、学校首届教学名师等荣誉称号。多名教授分别兼任省、市专业学术委员会或团体副主任委员、常委或委员。
多年来，本学科在病理学、病理生理学教学内容、课程体系、教学方法和手段等方面进行了多项改革和尝试。在教学中不断吸收新理论、新知识，并将儒家文化之精髓融于教学之中，不断改进教学方法，注重改革教学的趣味性、逻辑性、重点性和知识更新性。提出了与相关基础学科和临床学科相联系的“一条龙横向”和与前沿科学、边沿学科及新技术相联系的“一条龙纵向”教学体系，建立了良好的病理学、病理生理学教学运转机制，取得了较好的教学效果。在省内医学院校病理学与病理生理学科中率先应用了病理学多媒体网络教学系统，构建和开通了病理学网络教学平台，自制了适合于本学科教学的系列多媒体网络教学素材库。目前本学科设有学生用4个病理学数码互动实验室、4个病理生理学模拟实验室，在国内率先建立了“医学网络互动虚拟实验教学平台”，填补了国内空白。目前本学科所有教学资源如授课教案、部分授课录像、电子课件、病理学资源库以及教学大纲、实习指导、病例讨论、在线考试等全部上网，实现了本学科教学资源的真正开放。和5个研究用实验室以及病理诊断中心、司法鉴定中心等，病理互动实验室和病理生理学实验室定期向本科生业余开放，为本科教学、研究生教学与科研提供了良好的学习和工作平台。
本学科设有分子病理学、细胞生物学、器官纤维化、DNA检测、抗肿瘤药物传递室、血流变、心血管疾病等7个研究用实验室。病理学科研实验室主要从事肿瘤分子病理学与细胞生物学、器官纤维化、抗肿瘤药物传递的研究，在肿瘤分子生物学、肾脏纤维化等研究领域形成了自己的研究特色。病理生理学科研实验室主要从事心血管病理生理学和心血管药理学研究，在循环性休克发病机制及实验性治疗、细胞信号转导异常与心血管疾病的发病机制及药物防治等研究领域形成了自己的研究特色。抗肿瘤药物传递实验室主要从事疫苗脂质载体、配体修饰载体、无水反胶束等技术研究，在疫苗脂质载体及佐剂传递系统、抗癌药物肿瘤靶向载体传递系统等抗癌药物靶向载体传递系统的研究方面形成了特色。近几年先后承担和完成6项省部级及20余项厅局级科研课题，多渠道获得科研经费百万余元，科研课题层次和研究水平居省内同类医学院校领先水平。4项科研成果获得山东省科学技术进步三等奖，10余项科研成果分别获得山东省高校优秀科研成果奖二、三等奖和市科技局、学校科技进步一、二、三等奖。在国内外中英文专业学术刊物上发表学术论文近200篇，其中8篇被SCI 和CA收录。与美国、加拿大病理界专家教授建立了良好的学术交流合作关系，与北京大学肿瘤研究中心、第三军医大学病理研究所、华中科技大学同济医学院、山东医学科学院等部属院校和国家重点实验室建立了密切的科研及教学协作关系。聘任国内著名病理学教授、国家杰出青年为本学科的客座教授。作为山东省医学科学院、新乡医学院的硕士研究生联合培养点，培养硕士研究生7名。
本学科承担本、专科、留学生等各专业层次的病理学、病理生理学、法医学、免疫病理学、病理学实验技术操作等多门课的教学任务。先后承担和完成了山东省教育厅、中华医学会医学教育分会、山东省高等教育学会等教育科研课题10余项，其中2项分别获得山东省省级优秀教学成果二、三等奖，1项获得山东省省级优秀实验技术成果三等奖，1项获得山东省社会科学成果三等奖，1项获山东省软科学三等奖，多项课题获学校和市级教学成果奖。在国家和省级教育研究杂志上发表论文30余篇。作为主编单位出版了全国医学专科《病理学》、面向21世纪课程《病理学实习指导》、《病理生理学实习指导》（卫生部配套教材）、《卫生事业管理》、《常见疾病的诊断和治疗》、《实用护理学》等教材和著作，参编和协编了多部本科病理学和病理生理学教学参考教材，为本学的教学改革和发展奠定了理论基础。
本学科现有在职人员提供良好的深造条件攻读在职硕士和博士学位，其中2人获得医学博士学位，并已回到学科工作，发挥了模范带头作用。将高学历人才（博士）安排到学科关键学术岗位任实验室主任或学科副主任，让他们能够充分发挥自己的聪明才智和专业特长，促进所在关键学术岗位教学和科研水平的不断提高。
教学和科研场所有原来的800多平方米，增加到现在的2200平方米，投资百余万元建立了四个数码互动实验室，投资240余万元购买了激光共聚焦显微镜、全自动自制脱水机、超薄切片机、CO2培养箱、图像分析仪、凝胶成像系统等十余件先进科研设备，目前各类教学科研仪器设备达到千万元，大大改善了细胞生物学、分子病理、心血管病理生理学、器官纤维化、抗肿瘤药物传递等实验室以及教师的教学和办公条件，教学和科研条件及环境得到了较大的改善，为下一步教学改革和科研创新奠定了坚实的基础。
不断扩大对外教学和学术交流，是不断提高教学水平和科研上层次的催化剂，近年举办了1次国际肾脏病理学术会，3人次参加国际亚太国际病理学术会，多人次参加了中华病理学、病理生理学学术会，中国病理学工作者学术会，山东病理学、病理生理学术会议以及国家级专题学术会。对校内外相关学科实行分时段、分专业开放相关研究用实验室，有力地促进了相关学科的交流和渗透。
本学科将秉承“明德仁爱，博学至善”的校训和“团结、勤奋、求实、创新”的校风，不断巩固教学中心地位，以科研促教学，通过上级主管部门和学校较大力度的经费投入，力争在“十二五”末期，使本学科建设成为教学、科研设备齐全，教学和科研成果显著、教学体系和教学方法手段先进、机构开放、人员流动、内外联合、竞争创新、产学研相结合的省内一流重点学科。